Το πνευματικό έργο του Σταύρου Φωτάκη συνίσταται στην καταγραφή του λαϊκού πολιτισμού και των παραδόσεων γενικότερα της Κρήτης και ειδικότερα του Ρεθύμνου με επίκεντρο το Αμάρι και την ιδιαίτερη πατρίδα του τον Άγιο Ιωάννη. Η γραφή του είναι χωρίς παρέκκλιση σε αυστηρό Κρητικό ιδιωματισμό, σε πεζό λόγο και σε αξιολογότατες μαντινάδες – ρίμες. Ο Φωτάκης είναι επίσης ο δημιουργός και βασικός συντελεστής της ομάδας τραγουδιστών ριζίτικων τραγουδιών με την επωνυμία «Αμαριώτικη Παρέα», η οποία καλείται από πολιτιστικούς φορείς ανά τη χώρα και μαυροντυμένοι όλοι οι συμμετέχοντες, κατά την Κρητική παράδοση τραγουδούν με «ξάστερη» φωνή, λεβέντικα ριζίτικα παραδοσιακά τραγούδια της Κρήτης. Πολλά από τα ριζίτικα τραγούδια είναι στιχουργήματα δικής του εμπνεύσεως, πάντα σε αυστηρό Κρητικό ύφος και σχετίζονται με τα δρώμενα της κάθε περιοχής στην οποία προσκαλείται η «Παρέα των Ριζιτών». Έτσι μεταφέρεται ο Κρητικός λαϊκός πολιτισμός πέρα από την Κρήτη σε όλη τη χώρα, γίνεται προβολή του Νησιού και όπου αυτό προσφέρεται, αναδεικνύεται η κοινή ιστορία και οι κοινοί αγώνες κάθε τόπου με την Κρήτη. Και αυτοί οι κοινοί αγώνες είναι πολλοί και δυστυχώς απ’ αυτούς πολλοί είναι εν υπνώσει.
Τα τρία προαναφερθέντα υπό έκδοση βιβλία του Σταύρου Φωτάκη για τα οποία η Ακαδημία του απένειμε τα τρία βραβεία είναι: α) «Στη βορεινάδα μιας κορφής γράφω τα που θυμούμαι». Είναι σε πεζό λόγο και αναφέρεται στην ιστορία και τον λαϊκό πολιτισμό του Αγίου Ιωάννη Αμαρίου. β) «Κρητική λαϊκή ποίηση, τραγούδια, μαντινάδες – ρίμες από τον Άγιο Ιωάννη Ράθύμνου». Ποίηση ύμνος, με ντοπιολαλιά στο Άγιο Ιωάννη. γ) «Μεταγραφή ρίζίτικων τραγουδίων από τα Αμαριώτικα χωριά. (αφηγητές Αμαριώτες». Πρόκειται για επίμοχθη προσπάθεια του Φωτάκη και πολύχρονη έρευνα στο Ιστορικό Αρχείο της Κρήτης όπου ιστοριοδιφών στους 93 τόμους που είναι κατατεθειμένοι, εκ των οποίων μόνο ένας (1) έχει δημοσιευθεί, «Ο Γάμος εν Κρήτη», του πατέρα της Κρητικής λαογραφίας Παύλου Βλαστού (1832 – 1926). Περιέχει φωτογραφικό υλικό από τα ανέκδοτα χειρόγραφα έγγραφα του Αμαριώτη Π. Βλαστού. Είναι πολύτιμο βοήθημα στους διάφορους μελετητές.
